Organizacijos struktūra yra aiškiai apibrėžta ir susideda iš kelių pagrindinių lygių
Rotary International (Pasaulinis lygmuo)
Tai pagrindinė Rotary organizacijos ašis, kuri nustato strategines gaires ir prižiūri visos organizacijos veiklą.
- Rotary International prezidentas – renkamas vieneriems metams ir vadovauja organizacijai globaliu mąstu.
- Valdyba (Board of Directors) – sudaryta iš Rotary International prezidento ir kitų išrinktų narių, kurie prižiūri strateginius sprendimus ir veiklos kryptis.
- Generalinis sekretorius – atsakingas už organizacijos administracinę veiklą ir Rotary International būstinę (įsikūrusią Evanstone, Ilinojaus valstijoje, JAV).
Rotary zonos ir regionai
Rotary yra pasaulinė organizacija,todėl yra suskirstyta į geografinius regionus – zonas. Kiekviena zona vienija kelias Rotary apygardas.
Zonų vadovai koordinuoja veiklą tarp apygardų ir palaiko ryšį su Rotary International.
Rotary apygardos
Apygardos – tai tarpinis valdymo lygmuo, kuris jungia kelis Rotary klubus tam tikrame regione.
- Apygardos Valdytojas – renkamas vieneriems metams ir yra atsakingas už apygardos strategiją, renginius bei klubų veiklos priežiūrą.
- Apygardos valdyba – padeda Valdytojui vykdyti apygardos veiklą.
Rotary klubai (Vietinis lygmuo)
Tai pagrindinė Rotary organizacijos struktūrinė dalis. Klubai yra autonomiški, tačiau laikosi Rotary International gairių.
- Klubo prezidentas – renkamas vieneriems metams ir vadovauja klubo veiklai.
- Valdyba – sprendžia strateginius ir veiklos klausimus.
- Klubo nariai – kiekvienas Rotary klubas susideda iš narių, kurie aktyviai dalyvauja veiklose, projektuose ir bendruomenės iniciatyvose.
Rotary iniciatyvos ir fondai
- The Rotary Foundation – organizacijos labdaros fondas, finansuojantis humanitarines ir švietimo iniciatyvas visame pasaulyje.
- Interact klubai – skirti jaunimui (12–18 metų) bendruomenės projektams ir lyderystės ugdymui.
- Rotaract klubai – orientuoti į jaunuolius ir jaunus suaugusiuosius aktyviai įsitraukti į bendruomeninę veiklą.
- Rotary Draugystės (Fellowships) ir veiklos grupės – jungia narius pagal profesinius ar asmeninius interesus.